أسست عام (1276هـ/ 1860م) من قبل "ناصر الدین شاه القاجاري" بمباشرة من العلامة الشيخ "عبد الحسين الطهراني"، وسُميت بذلك لوقوعها في باب التل الزينبي للصحن الحسيني من جهة الغرب، ويدخل إليها من داخل الحائر الحسيني المقدس.
كانت توليتها بيد آية الله المرجع الشيخ "محمد تقي الشيرازي" (ت ۱۳۳۸ هـ / ۱۹۲۰م) الزعيم الروحي لثورة العشرين العراقية، وخلفه ولده الشيخ "عبد الحسين الشيرازي" (ت1382هـ / 1962م).
ومن الأعلام الذين تخرجوا منها وتولوا مهمة التدريس فيها، الشيخ "جعفر الهر" (ت1347هـ/ 1928م) وتلميذه الشيخ "محمد الخطيب" (ت1380هـ / 1960م) والسيد "نور الدين الجزائري النجفي" (ت 1409هـ/ 1989م).
ضمت المدرسة مكتبة عامرة، ذکر مقتنياتها الشيخ أغا بزرك الطهراني ومنها مجلدات كتاب (شرح التبصرة) للسيد "حسن بن إسماعيل الحسيني القمي الحائري" كتبه في المدرسة في صفر عام (1306هـ / 1889م).
هُدمت مدرسة الزينبية و موقوفاته في عهد المتصرف "عبد الرسول الخالصي" في يوم الاثنين (13 محرم 1368هـ / 15 تشرين الثاني 1948م) ، وذلك على أثر فتح شارع الحائر المحيط بالعتبة الحسينة المقدسة .
المصدر/ موسوعة كربلاء الحضارية، المحور التاريخي، قسم التاريخ الحديث والمعاصر، ج4، ص72-73.
