يسعى المركز الى تحقيق رسالته من خلال تصميم وإدارة مجموعة من الوحدات البحثية ذات الأهداف والبرامج التي تخدم مشروعه للارتقاء بكافة جوانب المجتمع الإسلامي.

أولاً : التخطيط الاستراتيجي :

هي الوحدة التي تقوم بتحديد الاهداف الاستراتيجية والاعمال والانشطة الواجب القيام بها لتحقيق تلك الاهداف وياخذ في الاعتبار المتغيرات الداخلية والخارجية للمركز ودراستها بشمولية وتكامل.

ثانياً : التدريب المتقدم والتعاون البحثي :

1/ برنامج تدريب الشباب الباحثين والكوادر الفاعلة في المجتمع (جمعيات أهلية / إعلاميون/ كتّاب / قيادات وسيطة)

2/ برنامج التعاون والمشروعات البحثية المشتركة.

ثالثاً : البحث والتطوير :

تتولى هذه الوحدة إدارة النشاطات المتعلقة بالمشاريع التي تدخل ضمن نطاق عمل المركز والتي تشمل ما يأتي :

1.  الدراسات والمشاريع البحثية المقترحة من إدارة المركز والهيئة الاستشارية، لإيجاد الحلول المناسبة لها وتحديد خطوات معالجتها وفق رؤية المركز.

2.    إعداد ورسم الخطة السنوية العلمية للمركز والتي تمثل إطار عمل المركز خلال سنة كاملة.

رابعاً :  العلوم  الدينية :

 1ـ علوم القران

 2- علوم العقائد

 3- التاريخ والسيرة

 4- الثقافة الإسلامية العامة

خامساً : الدراسات الإعلامية والمعلوماتية  :

1.    برنامج تحليل توجهات وسائل الإعلام الفضائية والالكترونية والتعامل معها.  

2.    برنامج التنسيق الإعلامي وتوسيع قاعدة التأثير

3.    برنامج تطوير المواقع الالكترونية والنشر الالكتروني وتسويق المواقع.

سادساً : الثقافة المجتمعية ومكافحة الإرهاب :

1-  برنامج مكافحة التطرف والعنف و الإرهاب.                                                 

2-  برنامج الثقافة الشبابية.

3-  برنامج التنمية المستدامة والمشاركة المجتمعية، وتكون برامجه منهجية وفق رؤى وأفكار مدرسة أهل البيت (عليهم السلام).

 سابعاً : مشروع موسوعة كربلاء :

يسعى المركز الى تدوين تاريخ مدينة كربلاء المقدسة بكل جوانبها الدينية والاجتماعية وغيرها من خلال موسوعة خاضعة للضوابط العلمية تتسم بالدقة والموضوعية و الشمولية تتماشى مع متطلبات المرحلة الراهنة.

ثامناً : العلوم العامة :

تضم هذه الوحدة الأقسام العلمية الآتية :

1ـ علم الاجتماع                                 5- علم الجغرافية    

2- علم النفس                                   6-علم الهندسة والعمارة         

3- علم التاريخ                                  7-علم الإدارة و الاقتصاد                            

4- علم الإحصاء                            8- العلوم السياحية 

تاسعاً : دائرة الأبحاث الحسينية :

تعنى بالدراسات التحليلية للنهضة الحسينية المباركة.