بدأ مركز كربلاء للدراسات والبحوث في المرحلة الثانية ضمن خطته الهادفة الى اعداد دليل للجوامع والمساجد والحسينيات في مدينة كربلاء المقدسة، حيث تشمل المرحلة الثانية توثيق الجوامع والمساجد والحسينيات ميدانياً للأحياء التابعة لقضاء مركز المدينة، وتم حاليا اكمال المسح الميداني لـ(حي النقيب- والمعملجي- والبلدية – وحي الموظفين -) ، حيث وصل عدد الجوامع والحسينيات والمساجد التي تم توثيقها (37) ومن ابرزها ( جامع رأس الحسين(ع) – جامع الامام علي(ع) – وجامع السادات وغيرها ).
اعتمد التوثيق على استمارة وضعت من قبل متخصصين تحوي على تفاصيل كاملة للجامع والحسينية والمسجد، والان العمل مستمر على قدم وساق لإتمام المرحلة الثانية ، وذلك لخدمة مدينة الحسين(ع) .