شيدت مدرسة السيد المجاهد سنة (١٢٧٠هـ -١٨٥٤م)، كما هو مذكور في الوقفية الخاصة بها، وتخرج من المدرسة عدد من العلماء والفقهاء منهم العلامة السيد محمد باقر الطباطبائي والعلامة السيد محمد علي الطباطبائي، والسيد محمد علي بن مهدي بن محمد علي بن المير علي الطباطبائي.
وضمت قبور عدد من العلماء والفضلاء، منهم:
بلغت مساحة المدرسة حوالي أكثر من منتي متر مربع، مكونة من طابقين وتحتوي على اثنتي عشرة غرفة، ولكل طابق شرفة طويلة، اما الدخول الى المدرسة فيتم من بابها الخشبية التي تفصل بين محلين من محلات سوق التجار الكبير، وكانت تقام حلقات الدروس الدينية صيفاً في باحة المدرسة (الحوش)، حيث يجلس الطلاب مع استاذهم على فراش مصنوع من سعف النخيل (الحصير)، اما في الشتاء فيستغلون الغرف للتدريس، ويجلسون على الارض كحلقات دراسية، واضافة إلى ذلك كان يقصد اليها الشباب لعقد عقود القرآن الشرعي، كما كانت تقام فيها المجالس الحسينية في ذكرى وفاة احد المعصومين، اذ يعتلي المنبر كبار خطباء المجلس الحسيني وفي مقدمتهم الشيخ عبد الزهراء الكعبي.
تولى الاشراف عليها الشيخ الحاج عباس الحائري وبعد وفاته سنة (۱۹۷۲هـ -۱۳۹۲م)، تسلم ادارتها الشيخ الحاج عبد الحسن البيضاني.
وقد أزيلت المدرسة بما تضم من قبور العلماء وسويت أرضاً في العام (1400 هـ -١٩٨٠م).
